Mokuton (jap. 木遁?) - unikatowa zdolność Pierwszego Hokage z klanu Senju, a później Yamato, polegająca na zamianie swej czakry w energie życiową. Po śmierci pierwszego Hokage została zapomniana, gdyż nikt jej po nim nie odziedziczył. Yamato posiadł ją dzięki eksperymentom, które przeprowadzał na nim Orochimaru. Mokuton pozwala użytkownikowi na nieograniczoną kontrolę nad ziemią i wodą, dzięki czemu może on wytwarzać wszelaką roślinność i potem nią manipulować. Rozmiary i długości wytwarzanych roślin, są ograniczone jedynie wolą i ilością czakry posiadacza. Ponadto techniki Mokuton pozwalają na kształtowanie drewna według woli użytkownika (Yamato, na przykład potrafi wznieść wielką willę lub stworzyć klona z drewna), dzięki temu shinobi może tworzyć naprawdę wymyślne i oryginalne techniki, które jednak są w znacznym stopniu narażone na techniki powiązane z żywiołem ognia.